Šumava søerne, der ligger over 1.000 m over havets overflade, er juvelerne i områdets smukke landskab. De største og mest populære er Černé jezero (Sortesøen) og Čertovo jezero (Djævlesøen). Den bedste rute til førstnævnte følger den gule vandresti fra Špičácké sedlo. Sortesøen kan prale af flere rekorder. Det er den største naturskabte sø i Šumava og faktisk hele Tjekkiet. Det er også Šumavas dybeste sø. Dets navn kommer fra søens sorte farve, som er forårsaget af refleksionen af den omgivende mørke skov. Fra Sortesøen kan du komme videre til Djævlesøen ved at følge en rød sti. Den fører dig gennem rødder og træstubber til Jezerní potok, hvorfra det kun er et stenkast til Djævlesøen. Djævlesøen er den sværest tilgængelige sø, man kan komme til i Šumava, men den er også den smukkeste.
Šumavas dybe søer
Et glimrende udgangspunkt til at udforske søerne er også byen Železná Ruda. En afmærket sti fører herfra hele vejen til Černé jezero. Når du klatrer op ad den stejle, sti, kommer du til Čertovo jezero. Undervejs kan du også tage til det højeste vandfald i Šumava, Bílá Strž (Den Hvide Kløft), hvor vandet falder ned i dalen i Bílý potok (Den Hvide Bæk) fra en højde af 13 meter.
Magiske tørvemoser
Blandt perlerne i Šumava er ligeledes områdets tørvemoser. Du kan lære om tørvemoserne, som er sidste levn fra istiden, på Tříjezerní slať (Tresøers Hede) natursti, der begynder i Modrava. Šumava tørvemoser indeholder en ekstraordinær mangfoldighed af planter og dyr. På træstierne går du gennem et magisk landskab med mørkt vand, flydende øer gemt i tåge og forbløffende træer. Forlad stien, der fører til stedet, hvor Vltava-floden, som du måske kender fra Prag, udspringer, kun en halv kilometer fra den tyske grænse.
Urskovens betagende charme
Kan du lide betagende landskaber, som Moder Natur har skabt? Så er der ingen vej udenom en afmærket sti fra landsbyen Kubova Huť og ind i den magiske verden af Boubínský prales, en af de vigtigste urskove i Europa. Her finder du en sand naturperle med århundrede gamle træer dækket med svampe, snoede rødder, mørkegrønne blade af bregner og faldne træstammer dækket med tæpper af fløjlsagtig mos. En af de smukkeste ture gennem Šumava er desuden naturstien Povydří (Odderfloden), der fører fra bosættelsen Antýgl til Čeňkova Pila. Her går du på en afmærket sti i den dybe kløft af Vydra-floden, der løber over gigantiske klipper og således skaber tusinder af små bække og vandfald. Du kan stoppe ved Turnerova chata (Turnerhytten), som er den eneste hytte åbent for besøgende i nationalparkens første zone. Prøv at nyde stilheden, mens du ser og mærker naturen - det er en ren balsam for sjælen