A casa onde fica o museu, uma das mais antigas de Praga, está incluída na lista da UNESCO e testemunhou o avanço espiritual, científico e cultural da nação tcheca. É o único lugar em Praga onde se pode experimentar a energia mágica da alquimia.
As primeiras menções de assentamentos nesta área vêm do ano 900 d.C. Perto deles, na época passava a importante rua comercial chamada Gran Via. Embaixo da casa foram construídos 3 túneis secretos, que a conectavam com os três lugares mais importantes da cidade.
No século XVI foi construído um laboratório alquímico secreto nos porões desta casa, para o imperador Rodolfo II. O objetivo principal dos alquimistas era criar o ouro, a pedra filosofal ou o elixir da eterna juventude. Rudolph II convidou muitos alquimistas, astrônomos e cientistas para a sua corte em Praga e alguns deles também trabalharam neste laboratório, como o rabino Low, Tycho Brahe, Tadeas Hajek de Hajek, Johannes Kepler e muitos outros.
Há muitos mistérios e lendas sobre esta casa. Uma das lendas mais famosas fala de uma carruagem, conduzida por cabras de fogo, que às vezes aparecia e logo desaparecia no subsolo antes de entrar na casa. A lenda, transmitida de geração em geração, descreve os fenômenos que acompanham a oficina da alquimia secreta - o cheiro e a explosão ocasional de fogo quando um teste falhou. Conta também que as chamas destes fogos atingiram, através das ranhuras secretas abaixo da casa, até a Praça da Cidade Velha. Imediatamente depois da explosão, as chamas diminuíram e desapareceram misteriosamente no subsolo.
No século XIX, foi realizada a demolição massiva do antigo bairro judeu e, por razões desconhecidas, a demolição terminou exatamente na borda da casa, apesar de ter sido incluída no plano e apesar da destruição de outros edifícios do bairro arquitetonicamente valiosos. Ninguém sabe explicar este fato misterioso.
O museu é o único lugar onde você pode comprar o original elixir da eterna juventude, conforme foi feito para o imperador, no seu laboratório secreto. Você vai experimentar a mesma sensação extraordinária sentida por Rodolfo II, porque o elixir está embalado em pacote igual àquele recebido pelo Imperador em sua mesa.
A oficina da alquimia de Rudolf II, do século XVI, escondida dos olhares indesejados dos transeuntes, vai fascinar você com a sua atmosfera mágica e lhe apresentar as atividades alquimistas medievais que são relacionadas a diversas áreas da ciência moderna.