Polnás judiska församling var en integrerad del av staden ända sedan 1600-talet. År 1682 gav adeln de lokala judarna tillstånd att etablera ett eget slutet kvarter. En av de första byggnaderna som uppfördes där, 1684-1685, var synagogan.
Dess ursprungliga form och byggherrar är okända. Idag är det dock en rektangulär, delvis tegelstruktur. Synagogans öde följde i hög grad gettots öde. Befolkningen växte och synagogan byggdes ut. Liksom gettot brann den ner flera gånger innan den återuppbyggdes. Mest skadad blev den under en stor brand 1863. Under andra världskriget användes den som förråd för konfiskerad judisk egendom. Ett lika sorgligt öde gick den till mötes under kommunisterna, som använde den för att lagra konstgödsel. Synagogan hotades vid ett tillfälle av rivning men räddades av Club for Old Polná, som reparerade den efter 1989. År 1994 återlämnades den till Federation of Jewish Communities. Mellan 2011 och 2014 genomgick synagogan och rabbinerbostaden omfattande renoveringar inom ramen för projektet Revitalisation of Jewish Landmarks - 10 Stars, som finansierades med EU-medel.